I mer enn 60 år har det vært militær flyvirksomhet i Rygge. Den første militære flyplassen i Rygge ble bygget av tyskerne i 1942-1943 og lå drøye to kilometer vest for dagens rullebane.

Etter krigen ble flyplassen først nedlagt, men i 1949 kom Flygeskolens befalsutdanning og grunntrening med Fairchild Cornell-skolefly til Rygge. Flyskolen flyttet videre to år senere, og i stedet kom rekruttskolen for Østlandet. I 1953 ble Luftkommando Østlandet (LKØ) flyttet fra Fornebu til Rygge. LKØ holdt til på Rygge flyplass frem til september 1954, da den nye hovedflystasjonen ble offisielt åpnet. Fra da av ble Rygge flyplass en integrert del av Rygge hovedflystasjon og populært kalt "Lille Rygge". En seksjon helikoptre ble for øvrig værende på "Lille Rygge" helt frem til 1958. "Lille Rygge" ble etter hvert overtatt av luftvernet, og fungerte både som mobiliseringslager og vedlikeholdsverksted for våpen og samband frem til den ble lagt ned som militærleir i 2003.

Luftforsvaret fikk i november 2004 konsesjon av Samferdselsdepartementet til å anlegge, drive og inneha sivil lufthavn på Rygge flystasjon. Anleggsarbeidene startet i juni 2006, og Moss lufthavn, Rygge (MLR) åpnet 1. oktobert 2007.